Szaflary obok Waksmunda i Klikuszowej to najstarsze osady pasterskie w starostwie nowotarskim.
Nazwa wsi Szaflary wskazuje etymologiczne na brzmienie niemieckie i wywodzi się przypuszczalnie od słów: „Schafler” – bednarz, „Schafflare”- owczarze lub zniekształcenia słowa „Schaffner”- włodarz, zarządca. To znaczenie należy wiązać z istnieniem we wsi zamku.
Osadnicy Szaflar najpewniej byli Niemcami. Dowodzą o tym nie tylko przywileje zakładania osad na prawie niemieckim, ale i nazwy najstarszych miejscowości w pobliżu Nowego Targu: Krauszów, Waksmund, Harklowa, Szlembark, jak i wielu nazw miejscowych, m. in. w Tatrach Polskich oraz przydomków i nazwisk w pobliskim Nowym Targu.
W samych Szaflarach o osadnictwie niemieckim świadczą: nazwa wsi, imię sołtysa Leopolda występujące w dokumencie z 1338 roku oraz miejscowe nazwy i przydomki.
Obcego pochodzenia węgierskiego byli też np. sołtysi Kalatowie, a takie nazwiska jak: Gubała, Sabała, Kojs czy Strama, mają najpewniej wpływy wołoskie. Do najstarszych rodzin należą Szaflarscy.
W 1621 r. wieś Szaflary dotknęła powódź, wyrządzając znaczne szkody, z kolei w 1628 r. były w niej duże wylewy wód i gradobicie.
W połowie XVIII wieku z powodu przeludnienia rozpoczęła się emigracja mieszkańców, głównie na Węgry. Z kolei końcem wieku XIX do Ameryki Północnej.
7 marca 1920 roku hrabia Jerzy Uznański, właściciel Szaflar działając w imieniu Powiatowej Rady Narodowej w Nowym Targu, dokonał zaślubin Podhala z morzem, poprzez symboliczne zanurzenie pierścienia w miejscu połączenia potoku Kowaniec z rzeką Dunajec.
3 maja 1927 roku zasadzono w pobliżu remizy strażackiej w Szaflarach Drzewo Wolności – wiąz ofiarowany przez rodzinę hrabiów Uznańskich.
W 1926 roku na terenie wsi Szaflary odbył się zjazd Związku Podhalan. Wzięło w nim udział 109 głównych działaczy na czele z generałem Andrzejem Galicą, Władysławem Orkanem, Jakubem Zachemskim, Feliksem Gwiżdżem, Antonim Zachemskim i ks. Ferdynandem Machayem. Okolicznościowe przemówienie na temat „Związku ziem” wygłosił wówczas Władysław Orkan.